Академия ОБСЕ открыта для сотрудничества и имеет ряд различных международных и региональных партнеров в разных странах мира. На сегодняшний день Академия ОБСЕ сотрудничает со следующими институтами:
АУЦА – Американский Университет Центральной Азии, Кыргызстан
Проект Европейской Комиссии БОМКА/КАДАП, Кыргызстан
ОФМТ - Общественный Фонд за международную толерантность
IICP
Институт по интегративной трансформации конфликтов и построению мира, Австрия
ИВРАН - Институт востоковедения Российской Академии Наук
ИОП - Институт общественной политики, Бишкек, Кыргызстан
МГИМО (У)
Московский Государственный Институт международных отношений МИД РФ
ПИР-Центр
Центр политический исследований России
RWI
Институт Рауля Валленберга по правам человека и гуманитарному праву, Швеция
СИПРИ – Стокгольмский Международный институт исследования вопросов мира
Организация Объединенных Наций в Кыргызстане
Программа Развития ООН в Кыргызстане
Представительство УВКБ ООН в Кыргызстане